El Observatorio IUNE es el resultado del trabajo realizado por un grupo de investigadores pertenecientes a las universidades que integran la «Alianza 4U»: Universidad Carlos III de Madrid, Universidad Autónoma de Madrid, Universidad Autónoma de Barcelona y Universidad Pompeu Fabra.

La creación y desarrollo del Observatorio IUNE ha sido posible gracias a la financiación recibida por los ministerios de Ciencia e Innovación y de Educación. Actualmente el Ministerio de Educación, Cultura y Deporte ha firmado un convenio con la Alianza 4U para el apoyo al Observatorio IUNE.

La coordinación general del Observatorio IUNE está a cargo de Elías Sanz-Casado, catedrático de Documentación de la UC3M y director del Research Institue for Higher Education and Science (INAECU).